система с ГУЯми? запускаться скрипт будет от конкретного юзера?
Тогда создай директорию в домашней папке этого юзера, поклади туда все что нужно (как минимум скрипт, и файлы которые он использует), дай права на выполнение. Это все общие слова, правда, нужно ведь знать, как работает скрипт?? что это за файлы, какое их содержание, хотя бы?