Решил описать свой опыт, может кому пригодится, так как вначале знакомства с Xubuntu долго лазил по интернету в поиске нормального софта и инструкций. Так как по опыту с Windows знаю, что если сильно пощелкивает жесткий диск, то нужна дефрагментация. Первое решение, которое помогло, это освободить на дисках свободное место. Так как для знакомства с софтом Линукс поустанавливал множество программ, отведенный объем на удивление быстро исчерпался. После удаления лишних больших файлов диск стал намного тише работать.
Инструкцию по дефрагментации, которая по сравнению с другими статьями оказалась полезной нашел здесь (http://www.linux-info.ru/e4defrag.html).
Еще видел вариант, который помогал людям, это перенос файлов программ на полностью чистый жесткий диск, может быть они выстраиваются в правильной последовательности при таком копировании.
Эх народ, зачем сравнивать две операционки, которые отличаются друг от друга координальным образом, для файловых систем линукс дефрагментация не требуется, в отличии от файловых систем виновс. Почитайте подробнее (http://liberatum.ru/exclusive/pochemu-v-linux-ne-nuzhna-defragmentatsiya)
Спасибо, последний абзац как раз описывает этот случай, когда диск был переполнен.