............................
попробуйте удалить в ~/.config/ папку Thunar
rm -rf ~/.config/Thunar/
при перезапуске Thunar она вновь создастся.
Кажись, закладки сохраняются в файле /home/Пользователь/.gtk-bookmarks. Может попробовать удалить этот файл и попробовать снова? (Подозреваю, что Тюнар не хочет его перезаписывать - то ли прав не хватает, то ли ещё что-то).