Лично я не пользуюсь скайпом, но пару вариантов могу предложить. На сегодня в Xubuntu есть аж 3 апплета, работающих с треем:
- Status Notifier Plugin
- Плагин индикаторов
- Область сообщений
1. Попробовать - может один из них корректно работает со значком скайп (у них есть какие то приоритеты, типа "кто главный" - если в одном отображен значок программы, то второй ее игнорирует).
2. Убрать значок скайп из трея (один из трех вариантов выше) в настройках плагина.
Ну и конечно за решением проблемы: к разрабам скайп (микрософту, гы).